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Estación de Campo Casa ITA
Establecida en el 2004, se encuentra a 17 km en la margen izquierda del río Madre de Dios. Es el centro de operaciones de ITA en el Bajo Madre de Dios, desde Puerto Maldonado hasta la frontera con Bolivia. En Casa ITA se desarrollan diversos trabajos de investigación y conservación, orientados al manejo sostenible de los ecosistemas amazónicos. Es un centro de monitoreo de la biodiversidad amazónica, y de entrenamiento para jóvenes investigadores. .
Estación Chacra Gamitana
La Chacra Modelo Gamitana, ubicada en la margen izquierda del río Bajo Madre de Dios, desarrolla sistemas de agroforestería orientados a la producción orgánica de cultivos amazónicos. Además, a través de la experiencia, busca consolidarse como un centro de capacitación agroforestal para las poblaciones aledañas al ámbito de trabajo de ITA. Cuenta con grupos de jóvenes que participan voluntariamente en las actividades de cultivo y cosecha de productos amazónicos. La estación Chacra Gamitana está proyectada como centro de entrenamiento para jóvenes profesionales y técnicos agropecuarios y/o forestales, donde apliquen sus conocimientos.
Estación Valencia
Ubicada en el lago Valencia (Provincia de Tambopata), cercana a la frontera entre Perú y Bolivia, se desarrollan trabajos de investigación –principalmente sobre aves y mamíferos–, ecoturismo y conservación de bosques de terraza alta y castañales, así como de recursos ictiológicos. Igualmente, se realizan actividades de inventarios forestales de la castaña, la cosecha y el acondicionamiento para traslado. ITA cuenta con rutas para observación de aves y monitoreo de mariposas.
Estación Palmetum
El Palmtum de Inkaterra Reserva Amazónica es un área dedicada a la recuperación y propagación de palmeras amazónicas, con énfasis enlas especies que enfrentan un alto impacto por su importancia económica para la región. Su proyección es convertir a esta estación en un centro genético de palmeres amazónicas.
Estación Amaru Mayo
Proyectada para establecer un centro genético de especies botánicas, esta estación es el punto de soporte a las actividades de investigación y conservación de la biodiversidad, en un ecosistema con diferentes tipos de bosque. Está dentro de la concesión de conservación Amaru Mayo, en la frontera con Bolivia.
Estación Machu Picchu
Esta estación es base de actividades de investigación y conservación en el bosque nuboso, incidiendo principalmente en el estudio de orquídeas (se han descubierto 15 especies nuevas para la ciencia), helechos, heliconias, bromelias; como también de vertebrados, donde destacan el monitoreo de aves, y los inventarios de anfibios y reptiles. También cabe considerar el estudio de mariposas.
Estación Cabo Blanco
Ubicada al sur de la caleta de Cabo Blanco(distrito El Alto, Piura), en un terreno que se encuentra dentro de la propiedad de Inkaterra, cedida en condición de cesión de uso por tiempo indefinido. ITA ya ha puesto la primera piedra para su construcción. Su principal función será la de apoyar las investigaciones y conservación de especies marinas y del bosque seco. Igualmente será el soporte para el desarrollo de monitoreo, capacitaciones y educación para desarrollo sostenible.