Financiada por medio del ecoturismo, la ONG Inka Terra Asociación (ITA) produce investigación científica para la conservación de la biodiversidad, la educación y el desarrollo sostenible de las comunidades locales. Si bien fue fundada en marzo de 2001, sus actividades se inician en 1978 bajo el nombre de Cusco Amazónico. Desde entonces, ITA realiza inventarios de biodiversidad para conocer la vida existente y luego poder medir el impacto de Inkaterra sobre sus áreas de influencia: el bosque amazónico de Madre de Dios, el bosque de nubes de Machu Picchu, el Valle Sagrado de los Incas, la ciudad del Cusco, y el mar y desierto de Cabo Blanco.

Con el apoyo de más de 200 especialistas desde 1978, ITA ha registrado 812 especies de aves en las áreas de Inkaterra (equivalente al 93% de la diversidad de aves en Costa Rica); 372 especies de orquídeas nativas en Inkaterra Machu Picchu Pueblo Hotel (la colección más grande del mundo en su hábitat, según American Orchid Society); y 365 especies de hormigas en Inkaterra Reserva Amazónica (récord mundial, según el profesor de Harvard E.O. Wilson), entre otras especies de flora y fauna. A la fecha se ha publicado 28 especies nuevas para la ciencia, halladas en áreas de Inkaterra: 19 orquídeas, 5 anfibios, 1 mariposa, 2 bromelias y 1 liana tropical.

Entre sus proyectos de conservación de biodiversidad, destacan el Centro de Rescate del Oso Andino, que estudia la única especie de oso del Hemisferio Sur; el Inkaterra Canopy WalkWay (sistema de puentes colgantes que estudia la vida silvestre en el dosel del bosque amazónico); el Estudio Técnico Justificatorio para la creación de la primera reserva marina del Perú, en el mar tropical de Cabo Blanco (2012).

Comprometida con el desarrollo sostenible de las comunidades locales, ITA realiza proyectos agroforestales para la producción de insumos orgánicos y libres de carbono, educa a los pescadores artesanales en técnicas de pesca sostenible, y organiza talleres educativos sobre el cuidado del medioambiente.

Las iniciativas de ITA han contado con el apoyo de diversas alianzas estratégicas con National Geographic Society, Global Environment Facility (Naciones Unidas), Conservation International, Banco de Desarrollo de América Latina (CAF), World Bank Group, International Game Fish Association, Cornell Lab of Ornithology, entre otras organizaciones influyentes.